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思いっきりはずしてるかもだけど、MoonShellのunicode/sjis.tblが
何かヒントになるかも？
http://mdxonline.dyndns.org/


ところで...
http://www35.atwiki.jp/hikipuro/pages/33.html
http://www.bottledlight.com/ds/index.php/FileFormats/NDSFormat
ここに書いてあるNDSファイルフォーマットの、「FAT オフセット」に
セットされているアドレスにはFATデータがあるんだろうけど、
このFATのフォーマットはどうなってんの？
解説したサイトとかある？

ファイル名テーブルや実ファイルデータをどうやって
管理しているのかよくわからない...

ここがわかれば、1つのNDSファイルだけで4MBを超えられる
方法がわかるような気がするんだけど。