正確なピクセル数は忘れましたが、横一直線にオブジェクトが並ぶとスキャンラインの仕様でオブジェクトの一部が処理されなくなります。
SCALEしても規定範囲を超えないオブジェクトや、ROTATEではみ出た部分が重要でない場合は、DOUBLEフラグを外すのがお手軽な対応です。
ここらへんは（NDSはGBAとほぼ同じなので）正直日記さんを読むと詳しく書いてあるのでお勧めです。
HBLANK/VBLANK期間内のみVRAMにアクセスする設定にするのも道が開けるかもしれません。
BGを4枚使い切ることがないのであれば、巨大オブジェクトの一部をBG3/BG4に展開してしまうのも手だと思います。