日本語が怪しいがフレーム数＝ボーン数？
頂点毎の骨インデックスは普通unsigned charで持つから256本くらい余裕でいけるけどそういうことじゃなくて？

確かに頂点シェーダー2.0までの環境だと定数レジスタが２５６しかなくて一度に８０本弱しか骨の処理が出来ないけど
事前に頂点データを分割して１Drawで使える骨の数単位で分割すりゃいいだけ。
D3DXのXファイル読み込みなら自動でやってくれるし自分でその辺を作っても大して難しいものじゃない。

頂点シェーダー3.0ならfp32x4のテクスチャに骨の行列転送して頂点テクスチャ機能使えばほぼ無制限。
頂点シェーダー4.0ならそもそも定数レジスタが4096あるのでこれもほぼ無制限。

つまりCPUでスキニングをやるのはせいぜいDreictX7か8までだと思われ。