すいません、やっぱり分かりませんでした。

1オブジェクトでテクスチャや材質は1つしか使っていないのに、
"1つの頂点で複数のUVを持つような状態になる"とは、どういうことなんでしょうか?
メタセコのUV編集画面では、どう見ても1頂点がUVマップ上に1つしかないんですが…。
やはり、RokDeBoneで読むときに頂点が複製されてしまいます。(5000ある頂点が12000くらいになってしまいます)

新規にデータを作った場合で試すと頂点が複製されることはないので、
UV操作でとんでもない勘違いをしてるだろうということは自覚してますが、
どうしても解決できそうにないので
どなたか、きっかけだけで良いのでヒントいただけませんか?