全部、単一のファイルに書いても構わない。
最初はそうするのが無難かもしれない。

ちょっとテキストの量が増えてくると一つのファイルだと破綻すると思うので
そうなったらファイルを増やして、
　〜〜.inc　というファイルにjafファイルの一覧を入れればいい