一度、新規でゲームファイル作って全キャラ入れなおしてみて、
それでも直らなかったらスクリプトか設定に原因がありそう。
こういうのって意外なところに落とし穴があるんだよね。
その表示されないキャラと表示されるキャラの間に
選択不能のキャラ（ＣＰＵ専用キャラの類）入れたりもしてない？