全部の絵を専用パレットで取り込んでるとか、使ってない音声入れすぎぐらいしか考えられないなぁ。

…と思ってたらウチのも１キャラ２０ＭＢオーバーでした。
Ｉのスクリプトにカーソルを合わせると、右下に圧縮後の容量が表示されるからチェックしてみては？
標準サイズのキャラで共通パレット使ってるなら２０００いかないぐらいのはず。