ウィンドウモードは解像度 1024x768x32 の画面上に
800x600 のウィンドウを作ってます。フルスクリーンでは 800x600x32 にしました。
ウィンドウの初期化時にフラグでフルスクリーンとウィンドウモードを場合分けしてます。
要するに描画ルーチンはウィンドウモードでもフルスクリーンでも
同じゲームループ(上に描いたやつ)を使ってます。
αを使ったら激遅になるのはわかってますが、αを使ったときに
フルスクリーンでここまで遅いというのが納得いかなかっただけです。
このやり方ってイベントベースっていうんですかね…。
フルスクリーンにすると処理範囲も狭くなるし、排他的に画面全体を使うとなると
う〜む、どう考えてもフルスクリーンの方が速いはずではないんですかね…。

一応、大枠はここのやり方を真似てるつもりです。
ttp://fivedots.coe.psu.ac.th/~ad/jg/ch03/index.html