wait、notifyはObjectにあるメソッド。これはJavaの基本中の基本なので勉強するといいよ。
APIドキュメントよんでごらん。ざっくりというとwaitはスレッドを停止させてnotifyで起こすという感じ。
マルチスレッド使ってるのでこの辺基本を抑えないと大変なことになる。

参考
ttp://www.nextindex.net/java/thread/waitnotify.html

switchだろうが複雑な分岐だろうがCPUだけが処理するようなものは速度的に問題にはならない。
ネックになるとすれば16bitCPU時代くらいでJavaSEとは関係ない。

最初はざっくり作ってリファクタリングをゆっくりやるといいよ。IDE使えば手軽に見通しよくなるし。
オブジェクト指向等も徐々に勉強していきながらでいい。