基本はDirectDrawだからな
一応オプションでDirect3Dで動作させればアルファブレンドもハードウェアになるが
レンダリング品質の問題とか通常一番使うブリットが遅いとかJava2Dベースでは
通常合成しか出来ないとかが問題になるからな

LWJGLはまったくさわったことがないのでわからん
JOGLはOpenGLそのままだね
俺が触ったときはSDLとのリンクが未実装だったので対象には上がらなかったが

Java3Dは高級すぎてゲーム用途にはまったく使えないという感じだった
速度がまったくでないことやピクセル単位の処理という感じではなかった

ただ、軽く触っただけなのでなんともいえない
2Dゲームならソフトウェアによるアルファブレンドが問題になるほど遅い場面は少ないとは思う