VXの2000より劣化した部分：

毒状態のダメージを自由に設定できない。必ず最大HPの10％。
毒状態が戦闘の終了で解除されなかった場合、必ず移動中にダメージを受ける。
MPを徐々に消耗させる状態異常を作れない。
最大レベルは必ずLv.99。Lv.30やLv.50にはできない。
主人公の経験値曲線における増加度が、なぜか最低でも20。2000では10まで下げられた。
状態異常に「かかりにくくなる」防具を作れない。オプションは、「完全に無効化する」のみ。
キャラチップのサイズが妙に小さい。FSMの素材は規定のサイズからはみ出すので使えない。
主人公・モンスターに固有のクリティカルの確率を操作できない。
武器を装備した際のクリティカルの確率を操作できない。
武器を装備した際の状態異常追加の確率を操作できない。
2000に存在したアイテムの類型のうち、本と種が消滅。
戦闘中に使用するアイテムのメッセージは、必ず「○○は××を使った！」。
属性防御低下・属性防御上昇の魔法が作れない。

なお、当然ながらVXには2000より進化した部分も多いし、
上記の欠点もスクリプト機能の使用によって克服できることがあるが、
ここではそのような事情は考慮せず、純粋に不便になった点を挙げることにする。
（というのは半分だけ嘘で、体験版しかやっていないためスクリプト機能を確認できないのが理由）