添付のマニュアルを呼んでも、フラグの概念がいまいちよくわからないんですが、
よく使われそうなプログラムの例などの、解説サイトってまだないですかね？
ちなみにやろうとしている事は、エンディングを見るとフラグが立ってタイトル画面に
新しい項目が追加されるというだけなんですが…。