ご無沙汰しております。
ムック本レベルの知識しかないですが、クトゥルー神話について。

神話では、クトゥルーなど『旧支配者』と呼ばれる人間に禍をもたらすものと、彼らに敵対する『旧神』と呼ばれる
存在の対立軸があります(さらに旧支配者間でもさまざなま利害関係があってという感じ)。
旧支配者にしても旧神にしても、地球という宇宙のなかの辺鄙な場所の神(人間の言うところの唯一神とか、
多神教の神とか)とは格が違う存在のようです。

ですから、第三勢力というかたちでストーリーに絡んでくるとなると、メガテンの基底に流れている神と人間との関係
という部分で齟齬が出てくるんじゃないだろうかと。
まあ、どのていどの扱いにするか(名称と、ちょっとした背景だけを借りるくらい or クトゥルー神話体系をガチガチに利用する)
によってかわってくることとは思いますが。

なんかいい対立軸がないかちょっと考えてみます。