主人公は最初からムーに住んでるってのはどうよ？
何十年もかけて建造するし
でかいのだから技術者は住み込みになるんだし
いくつか街があってもおかしくないと思う
ムー第２世代って感じでムーに居住権を持ってて
また国籍があやふやにならないように日本国籍も持ってるて設定

ムー自体を異界と捉えるのはどうかな？
日本に行ったり来たりすると状況が変わっていく

派閥は主人公の属性に関係なく存在して
主人公の属性や選択によって関わってくる派閥が違うとか
主人公が関わっていない派閥もイベントクリアによる
時間経過によっていろいろ動きがあると、いいね
コレは、ここでまとめた結果でいいと思う

派閥すべてにメシアがいなくてもいいんじゃない？
話の流れで吸収された派閥のメシアが台頭してくるとか、消滅するとか