ウィンドウA「から」ってどういうことでつか?
普通にこんな感じじゃ駄目でつか?

var a = new Window();
a.caption = "ウィンドウA";
a.primLayer = new Layer(a, null);
a.primLayer.setSize(a.innerWidth, a.innerHeight);
var b = new Window();
b.caption = "ウィンドウB";
b.primLayer = new Layer(b, null);
b.primLayer.setSize(b.innerWidth, b.innerHeight);
b.primLayer.drawText(0, 0, "ウィンドウB", 0);
b.visible = a.visible = true;