いろいろ試したところ、
SetWindowPos(hWnd, NULL, 0, 0, 0, 0, SWP_NOMOVE | SWP_NOSIZE | SWP_NOZORDER | SWP_FRAMECHANGED);
だけでいけるようです。

WS_POPUP等は真っ先に試したのですがだめでした。
どうやら、Direct3Dデバイスを初期化した後にクライアント領域を上書きする
必要があるようです。