560です。
正直言うと、すべてです。
ロックするってのは頂点バッファに頂点情報の配列をmemcpyするときに
つかうあのロックのことでしょうか？

そもそもテクスチャのなかがどのようになっているのかもよく理解できて
いないのでありまして。

テクスチャの中にはそれぞれのピクセルごとにＲＧＢＡそれぞれ２５５ずつの
情報が格納されてて、そのなかのピクセルで黒（０，０，０）の
色情報のピクセルのαの値すべてを０に書き直せってことを
おっしゃってるのですか？

だとしたらそもそもの記述方法がわかりません。

便利な関数に頼りすぎてしまっているのかもしれません。