> 大学で著作権について研究しているんですけど、ソフトウェアの著作権登録による
> デメリットって何かあるんでしょうか？

著作権を登録された技術を他人が使えなくなるだろ。
「今からこの圧縮アルゴリズムを使ってるフリーソフトは金払え！」
なんて言われたら困るのはわかり切ってるじゃないか。