色々な助言いただきありがとうございます。
数学の、ベクトル、行列について学び直していくうちに
少しずつですが内容が把握出来てきました。

d3moduleを使ってしまうと、一番知りたい基本概念が学べないので。
今後、拡張プラグインを扱いたくなった時にも、基礎の知識があれば
ある程度自由に振舞える部分もあるかなと思ってますので。