凹の深さにもよるけど
最終的には好みの問題。
埋めないと剥がれにつながるとかは基本的には無い
埋めないと当然ながら凹部がスジになって表面化する。
上塗り兼用パテでちょいっと埋めるのはアリだと思うが
好みの問題。
それよりもベニヤ板は接着良いけど、あえてプラゾールSS等で捨て糊すると
剥がれに対して安心度増すんでお勧め。
継ぎ目は和紙テープ使いましょう。絶対。