>>542
もちろんあるわよ
材料を一緒に炊き込むと、材料の加熱時間や材料への味のしみこみ具合を調整できないでしょう?
そして材料に水分が多い場合、材料から水がでてご飯がベチャっとしちゃうこともあるわ

まとめると、だいたいこんな感じかしらね
・一緒に炊き込む → 強く加熱してもいいとき、材料のだしをご飯に染みこませたいとき
・煮てから炊いたご飯に混ぜる → 水分が多い材料のとき、加熱しすぎると味が落ちる場合、材料にしっかり味を付けたい場合、材料の形を残したい場合

それでも、例えば魚の場合でも一緒に炊き込むとご飯に魚の出汁がでるし、炊いたご飯に混ぜる(乗せる)感じにすると
魚が煮崩れずに残るから、そのほうがいい場合もあるから、ケースバイケースよ