>>984
全体の流れ理解していないようだけど
UX1側を録音にすればモニターインの音は録音されないが
Mbox側を録音にすればUX1から出力されている音は全部録音されるでしょ。
それに現状の接続だとPodFarmとUX1が外部エフェクター接続したのと同じ扱いだから
エフェクトかけた音が録音されるのも当然の話。

ProToolsLEは使ったことが無いが通常はUX1とMboxの接続は必要ない。
両方ともUSBでPCに接続するだけ。
UX1を使ってギターを録音する場合はDAWのオーディオはインプットをASIOのUX1のSend 1-2
再生をUX1のASIOアウトプットにしてヘッドホンをUX1（もしくはモニターアンプをアナログアウト）に接続。
録音トラックにVSTのPodFarm指定でOK。