>このソフトはCSSが有りのDVDもそのままコピーするのですか?
>それともCSSを解除してコピーするのですか?
解除します

>もし後者であれば、CSS解除のタイミングは読みと書きのどちらですか?
読み込み時です

>DVDメディアからCSSが有りなのか判別するソフトはありますか?
このソフトを使用してメディアを読み込んだらCSSの有無は表示されますよ