>>387です。
差分をチェックしていたのですが、膨大な量で諦めました。
かなりのファイルで改竄がありました。

諦めてバックアップを戻したいのですが、
ファイル消去→DBインポート→ファイル転送→パーミッション644
でよろしいでしょうか？
ファイルを先に消さないと、DBだけ差し替えた時点でアクセスがあり変更されると大変ですよね？