とりあえず、目処がついたので
スラグとタグの名前が異なる場合に同じ名前のタグが重複する問題の回避方法まとめ

[対象者]
タグ名は日本語で表示、タグURLは英数字で出力したい人向け

[回避方法]
タグ欄に日本語でタグを入力せずスラグ名を書き入れる
プラグインを使う場合はAdvanced Tag Entryのタグ追加削除機能を利用すれば安全
ttp://www.poplarware.com/tagplugin.html

もし、既に重複してタグを編集したりしたい場合はSimple Tagsを使う
ただし、Simple Tagsのキーワード埋め込み機能は文字化けするので使わないほうが吉
ttp://www.herewithme.fr/wordpress-plugins/simple-tags/

以上です。