こんばんは。昨日はアドバイスを頂き、ありがとうございました。
>>693
デフォのテンプレに戻したら、正常に再構築されました。
はじめはテンプレのみが起因してるのかと思ったんですが、小粋空間さんの過去のコメント見ていると、
どうやらBerkeley DBを使用している事から起こっている症状ではないか、というのが分かってきました。（一概には言えないとは思うんですが・・・）

それで昨日、思い切ってBerkeley DBからMySQLに切り替えたんですが、
Userなどの基本設定は合っていて、MySQLをMT側もちゃんと読み込んではいるんですが、
メインメニューのところのエントリーのタイトルやカテゴリーの各タイトルなどの文字が文字化けしてしまいます。
サイトの方も、一部文字化けが起こり、見るに堪えない状況になってしまいました。
これはMySQLの設定がどこか間違っているという事なんでしょうか？
ちなみに、MySQLの設定をはずすと（Berkeley DBに戻すと）、文字化けは直りますが、やはり昨日と一緒で特定の場所でエラーが出てしまいます。
どなたか分かる方いましたら、よろしくお願いします。