と、言いますかですね・・・

イージス・ウエポン・システム搭載艦が指揮決定システムと武器官制システムを作動させている状態、
つまり臨戦体制に入っている場合、監視空域には何らかの飛行制限がかけられていて当然かと思います。
（高度や速度、事前の飛行計画の提出、夜間の飛行禁止など様々な制限）
C&Dシステム（指揮決定システム）には「ドクトリン」がインプットされておりまして、
このドクトリンにより敵性と判断されれば武器官制システムとのリンクにより最適の攻撃方法を導き出しますが、
最終的に攻撃を決定するのは人間です。
以前イージス巡洋艦が民間機を誤射したときは、攻撃前に何度もコンタクトを試みたものの、
民間機側のミスで回線が開かれていなかった為に攻撃したと記憶しております。

そういった臨戦体制にある空域を何の危機感も持たずに飛んでいた民間機にもかなりの問題が有るかと。