タグ、アルバムアートまで考えたら、flacはいいよ。
付属ソフトの問題は、タグをちゃんと書いてくれないこと。
mp3tagはflacのタグ、アルバムアートもちゃんと書ける。
SONYのサウンドオーガナイザー２がflacのタグ付けに使える。日本語データも充実してる。