>>792
アドバイスありがとうございます。
解決しましたので、報告いたします。
結論としては、ファイル形式は関係ないです。

アーティストAの楽曲(Music1、Music2とします)のうち、コンピレーションアルバムとして管理してる楽曲(Music2)があると、Music１が認識されないという現象が確認できました。
これは、iTunesですとコンピレーションは通常［アーティスト名］のディレクトリを［コンピレーション］とし、その中にアルバムデータを格納する構造であるため、ディレクトリが違うけど同じアーティストという楽曲ができた場合に、片方のディレクトリの曲しか認識しない
という現象が起きたと推測されます。
対策として、アーティストAの楽曲は同じディレクトリ内にまとめました。