私はDVDの音声トラックがLPCMだと、AutoGKでエンコ開始した時点でエラーが
出てはねられてしまうので、DVDからMpeg2を切り出すソフトの変換機能で
音声をAC3に変換してからAutoGKにかけてます。

AutoGKがいったんMP3に変換してしまえば、元の音声フォーマットは
もう関係ないと思うのですが、元々AC3収録の音声の方が変換後もかくつきが
少ないということでしょうか？