そうだなあ・・
いつものルーラっぽいそらをとぶ自体は序盤にきちんと使えるようにして、
波乗りetcの秘伝技を全部習得、いよいよ最後の町に行きそうな終盤辺りに
「これは○○バッジを習得したような、鳥ポケモンを高度に扱えるトレーナーのみが
扱う事ができる飛行法――」みたいな適当な理由を付けて伝授してもらうのはどうだろうか
どちらにせよ波乗りしないと会えないトレーナー・ポケモンは居る訳だから、今までとそう波乗りの頻度は変わらないだろうし。
どうしても波乗りで行かせたい所は上画面に竜巻でも置いといて、一定箇所を過ぎると戻されたらいいんじゃﾏｲｶﾅ

・・妄想は膨らむばかりだなｗ