バウムクーヘンエンドはカップリング論争と密接にかかわっている。
カップリングやそれにまつわる論争は普段は創作に非常に厳しいはずのウィキペディアに各言語の詳細な記事が作られ、
海外では真面目なエッセイや論文で取り上げられるほどの問題であり、
作品が終了しても火種が燻り続けるなど、よろしくないことになりかねない。

論争が肥大化して各方面に飛び火したことも少なくなく、
欧米ではすでに社会問題とみなされている。
以下は原作者を巻き込む事態に発展した例。

ハリー・ポッターシリーズ
とあるインタビューで質問者がファン層を挑発して
大規模な戦争が発生したり、原作者が公式カップリングを後悔したと発表した
(ちなみにその後にまた意見が変動したりした)。
NARUTO
原作者の発言が炎上した。
ライオンガード
監督のSNSが炎上して機能停止し、それまで視聴者の質問を積極的に受け付けていた監督が雲隠れしている。
雲隠れした後にも自殺予告を示唆するコメントも書かれた。
ヴォルトロン
声優に殺害予告が届き活動を休止せざるをえなくなり、
スタジオにも脅迫メールが届いた。
ブリーチ
炎上