cuを起動/停止するスクリプトを書いて
それをcronから呼び出したらどうかな
起動する時はrun_cu start、停止する時はrun_cu stopみたいな形で

で、起動する時に
cu -l /dev/ugen0.2 > 160211.log &
echo $! > /var/run/lock/run_cu.lock
とやっておいて、停止するときは
kill -HUP $(cat /var/run/lock/run_cu.lock)
みたいにすれば（要するに/etc/init.dにあるデーモンの起動スクリプトみたいな感じ）