再現できた http://i.imgur.com/tzU4oDl.png
emacs -Q -nw test.txt で起動した端末エミュレータ上のEmacsに
端末のコマンド(Ctrl+Shift+V や コンテキストメニュー 等)で貼り付けるとこうなる
25(開発版)では再現せず http://i.imgur.com/uBVuGkb.png

これはEmacsに限らず、自動インデント機能のある端末上のエディタに対して端末から「貼り付け」したとき起こり得る現象
端末上のエディタにとって外部からの貼り付けは「入力装置から一文字ずつ入力されている」のと同じで区別がない
なので自動インデントが通常の入力のときと同様に働く

25で再現しない理由は多分これ
> Add support for bracketed paste mode;
http://git.savannah.gnu.org/cgit/emacs.git/commit/?id=bfc30790686607fac1b7667d3a73d0f46b80e85f

"bracketed paste mode" とは
> xterm での拡張で、有効になっていると、クリップボードからの貼り付け時に
> 文字列の前後に特別なシーケンスを付加するというもの
http://srad.jp/~doda/journal/506765/