~/.emacsから~/.emacs.d/init.elを読み込む細工は、
~/.emacsを初期ファイルにしてる？elファイルのためなんかじゃなくて、
v22あたりより前の古いemacsを使ってる場合の対策じゃないの？
もしくは古いOSのパッケージ管理システムが~/.emacsが無いときに勝手に作ったりして
~/.emacs.d/init.elが読まれなくなっちゃう対策とか
>>439を検索してでてくるのはそのへんの話だと思うんだけど
暗黒時代をぬけて23や24系が主流になった今はこんな対処はいらないと思う