>>279
pyenv/virtualenv使ってディレクトリ毎に使用するpythonのバージョン管理すれば、
この問題にあたることすらないのでおすすめ

原因はpython-exectableをpythonと決め打ちしちゃってるせいで、作者も認識はしているようですね
pyenv/virtualenv使えばいいので積極的に動いてないようですが
https://github.com/proofit404/anaconda-mode/issues/62

決め打ちしてるのは anaconda-mode.elのanaconda-mode-python関数なので、
その関数を探して"pythonw" "python"
部分の後者をdebianなら"python3"（おそらく）とすればいいと思います。
あるいは、githubのissueで提案されているように、"python3"を
python-shell-interpreterにして、init.elでpython-shell-interpreter指定でもいいかも
しれませんが、ipythonを指定するとトラブルにぶち当たるかもしれません