Emacs 25.0.50、session 2.3a(melpa) で試してみたけど .overview は
file-name-history に残らないな。

session.el:
===========
(defun session-set-file-name-history ()
:
(unless (and session-set-file-name-exclude-regexp
(string-match session-set-file-name-exclude-regexp name))
(push name file-name-history))

一旦、file-name-history をクリア(nil に設定)して session-save-session
してみたら?