>>942
現象はおっしゃるとおりです。わかりにくくてすみません。

PuTTY 0.63 でFeodora 20に接続したところ、自分も再現できませんでした。
http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html

さらに調べたところ、GNU screen を起動した環境で emacs を起動すると
不具合が再現しました。

Fedora : Screen version 4.01.00devel (GNU) 2-May-06
Cygwin : Screen version 4.02.01 (GNU) 28-Apr-14

Screen + Emacs + テーマ、という何とも複雑な条件でした。