手元の24.3.1というバージョンの${EMACS}/leim/SKK-DIC/SKK-JISYO.L は
;; SKK-JISYO.L.unannotated was generated automatically by unannotation.awk at Tue Jan 26 00:31:27 2010
というコメントがあって
なごや /名古屋/名護屋/名越/那古屋/
になってます
なのでja-dic-cnv.elかそのあたりの不具合かなと