>>608 自分はel-getをほとんど使っていませんが、それで良ければ回答します。

回答1
package.elがでインストールしたパッケージの関数がrequreしなくてくても使える仕組みは、
autoload cookieによるものです。詳しくは以下のGNU Emacs manualをごらんください。

http://www.gnu.org/software/emacs/manual/html_node/elisp/Packaging-Basics.html

el-getでインストールしたものについては、autoloadを反映させる仕組みなどがel-getのレシピに必要ではないかと思われます(前述したようにel-getは使っていないので、間違っていたらごめんなさい)。

回答2
エラーとはならないのでご安心ください。
パッケージはload-pathの先頭から順番に探して、先に見つけてものを読み込みます。
M-x describe-variable で load-path の値を確認してみてください。

回答3
　私見となります。
　package.elはemacsの標準の仕組みですので、これをメインにつかうとよいでしょう。
　package.elのアーカイブで現在の主流はMELPAです。しかしMELPAからインストールできないパッケージもありますので、それらはel-getを使ってインストールします。

auto-install.elはel-getより導入が簡単ですが、el-getを使っているなら特に必要はないと思います。

私はpackage.elが好きなので上記のように使っていますが、el-get.elのほうがpackage.elよりできることは多いです。
package.elをつかわずにel-get.elだけですべてを管理する人もいます。