なんか、

;; カスタマイズファイル読み込み
(add-hook 'after-init-hook
(lambda ()
(setq custom-file (locate-user-emacs-file "custom.el"))
(load (file-name-sans-extension custom-file) t t)))

を書いた結果なのか、今までカスタマイズの設定がinit.elに記載されてましたが、
新たに.emacs.dにcustom.elが出来て、そこに記載されるようになりました。