そうするとだ、package 使いつつ customize インターフェースもちゃんと使いたいなら

;; カスタマイズファイル読み込み
(add-hook 'after-init-hook
(lambda ()
(setq custom-file (locate-user-emacs-file "custom.el"))
(load (file-name-sans-extension custom-file) t t)))

みたいなのを init.el に放り込んどけばいいのかな。

package + customize だけで完結出来ないってのはあんまりよろしくない感じではあるね。