すみません・・・解決してませんでした（´；ω；｀）
(cd ".") は default-directory が CDPATH で指定したパスになっただけで
カレントディレクトリで補完できなくなってました

>>795
emacs -q でも同じでした
cd-path は最初は nil で一度 cd すると CDPATH の内容がリストで
("/home/hoge/workspace") とか入ってきます

>>796
コマンドラインからの起動で、CDPATH自体は引き継がれてます
M-x shell で echo $CDPATH も、スクラッチバッハで (getenv "CDPATH") や
cd-path を評価してもシェルで指定したパスが出ます
eshell もだめでした。ansi-term ならOKなんですが・・・

>>797
MacOSXとWindows（cygwin）で
どちらもEmacs 24.2.1です

CDPATHで指定したディレクトリの中に aaa/ を作って M-x shell に行って
% cd aa
ここでTABは「No match」になっちゃいますが
% cd aaa
まで打ってからEnterなら飛べます
もしかしてこういうものですか？