すごい初歩的な質問なんですが、
Linux の環境で emacs をビルドをしたところ、
/usr/local/bin の下に emacs と emacs-24.2 の 2 つのファイルが
できました。 これらのファイルに違いはあるのでしょうか？
which emacs とすると /usr/local/bin となります。

ビルド自体は、Web サイトを参考に、下記のようにしました。
configure
make bootstrap
make install
オプションとかは何も付けずに行いまました。
Linux 自体も初めてで、質問の仕方もよくわかってません。
Linux は Linux Mint 14 Nadia Meta という奴をインストールしました。