すみません、釣りじゃないです。
ちょっと調べて、これでできたかもしれないです。
もし間違っていたら教えて頂けないでしょうか。
如何せんコンパイルはできるものの実行結果が合っているか確認する術が無いもので…

for x in $filesA;
do
for y in $filesB;
do
./ex1 $x $y
done
done