C-x 1 で消えるならそれ多分 Emacs でいうところの window だと思う。
Emacs でいう frame ってのは OS でいうウィンドウのことね。

ヘルプ的な画面ってのはどんなのが表示されてるの？
設定ファイルに不具合があったりすると起動時に別 window にエラーが表示されたりするけど。