>>6
cd .. したとき /home/userになるのは普通。(set +P状態であれば)
ls ..したときは ls /varになるはず。.. をシェルじゃなくls側で解釈するから。
解決策として、(cd ..; ls) と打てば良い。

CentOSでは云々は多分勘違いだろう。