gdbの問題追記です
cgdbからgdb6.3（デフォルト）を動かした場合は問題無かったです
terminalからgdb7.4を直接動かした場合も問題無かったです
cgdbからgdb7.4を動かした場合問題有りです
emacsからgudでgdb7.4を動かした場合問題有りです
ここから察するに、gdb7.4とフロントエンドとの間に問題がある感じでしょうか
run終わった後にcpuの使用率が異常に高くなるというのも
先のプログラムでは、99と表示された後、処理が正常に中断せず、抜け出せなくなる
感じでした。