細かい点だけれど,同じ問題にぶち当たった人いますか?
uplatexオプションを指定したjsbookを使って,
\AtBeginShipoutFirst{\special{pdf:tounicode UTF8-UCS2}}
を指定しています。

dvipdfmxでpdfを出力すると,ブックマークにある「--」(ndash)が
文字化けします。その他の文字は文字化けしないのですが,
これって簡単に直るものですか?

\documentclass[11pt,a4j,onecolumn,titlepage,dvipdfmx,twoside,final,uplatex]{jsbook}
\usepackage[
bookmarks=true,
bookmarksnumbered=true,
bookmarkstype=toc,
bookmarksopen=true,
pdfstartview={FitBH -32768},
pdfkeywords={}]{hyperref}
\AtBeginShipoutFirst{\special{pdf:tounicode UTF8-UCS2}}
\usepackage{atbegshi}
\begin{document}

\chapter{次の文字がnダッシュ--}

\end{document}