やっつけでかいてみた。

;; クリップボードとのkill/yank連携解除
(setq x-select-enable-clipboard nil)

;; クリップボードから貼付け
(global-set-key (kbd "C-c y")
(lambda ()
(interactive)
(let ((x-select-enable-clipboard t)
(x-last-selected-text nil))
(insert (or (x-get-selection-value) "")))))

;; クリップボードへコピー
(global-set-key (kbd "C-c w")
(lambda ()
(interactive)
(when (region-active-p)
(let ((x-select-enable-clipboard t))
(x-select-text (buffer-substring-no-properties
(region-beginning) (region-end)))))))